1. HERNÁNDEZ FRANCO, Juan, Bibliografía sobre la Edad Moderna en Murcia. Murcia, Academia Alfonso X el Sabio, 1981, 152 págs. ISBN: 84-00-04962-4
2. HERNÁNDEZ FRANCO, Juan, Gestión política y reformismo del conde de Floridablanca. Murcia, Servicio de Publicaciones de la Universidad de Murcia, 1983, 21 págs.
3. HERNÁNDEZ FRANCO, Juan, La gestión política y el pensamiento reformista del Conde de Floridablanca. Murcia, Servicio de Publicaciones de la Universidad de Murcia, 1984, 609 págs. ISBN: 84-86031-61-3
4. MULA GÓMEZ, Antonio José, HERNÁNDEZ FRANCO, Juan y GRIS MARTÍNEZ, Joaquín, Las obras hidráulicas durante el reformismo borbónico. Los Reales Pantanos de Lorca. Murcia, Colegio de Ingenieros de Caminos, Puertos y Canales, 1986, 256 págs. ISBN: 84-600-4387-8
5. HERNÁNDEZ FRANCO, Juan, Aspectos de la política exterior de España en la época de Floridablanca. Murcia, Academia Alfonso X el Sabio, 1992, 224 págs. ISBN: 84-87408-41-9
6. HERNÁNDEZ FRANCO, Juan, Cultura y limpieza de sangre en la España Moderna. Puritate sanguinis. Murcia, Servicio de Publicaciones de la Universidad de Murcia, 1996, 178 págs. ISBN: 84-7684-765-3
7. HERNÁNDEZ FRANCO, Juan, MULA GÓMEZ, Antonio José y GRIS MARTÍNEZ, Joaquín, Un tiempo, un proyecto, un hombre. Antonio Robles Vives y los pantanos de Lorca (1785-1802). Murcia, Servicio de Publicaciones de la Universidad de Murcia, 2002, 311 págs. ISBN: 84-8371-347-0
8. CHACÓN JIMÉNEZ, Francisco, HERNÁNDEZ FRANCO, Juan y PEÑAFIEL RAMÓN, Antonio (eds.), Familias, grupos sociales y mujer en España (siglos XV-XIX). Murcia, Servicio de Publicaciones de la Universidad de Murcia, 1991, 197 págs. ISBN: 84-7684-931-1
9. CHACÓN JIMÉNEZ, Francisco y HERNÁNDEZ FRANCO, Juan (eds.), Poder, familia y consanguinidad en la España del Antiguo Régimen. Barcelona, Antrophos, 1992, 255 págs. ISBN: 84-7658-338-9
10. HERNÁNDEZ FRANCO, Juan (ed.), Familia y poder. Sistemas de reproducción social en España (siglos XVI-XVIII). Murcia, Servicio de Publicaciones de la Universidad de Murcia, 1995, 184 págs. ISBN: 84-7684-641-X
11. CASEY, James y HERNÁNDEZ FRANCO, Juan (eds.), Familia, parentesco y linaje. Murcia, Servicio de Publicaciones de la Universidad de Murcia, 1997, 446 págs. ISBN: 84-7684-863-3
12. CHACÓN JIMÉNEZ, Francisco y HERNÁNDEZ FRANCO, Juan (eds.), Familias, poderosos y oligarquías. Murcia, Servicio de Publicaciones de la Universidad de Murcia, 2001, 173 págs. ISBN: 84-8371-235-0
13. CHACON JIMENEZ, Francisco, y HERNANDEZ FRANCO, Juan (eds.), Espacios sociales, universos familiares, Murcia, Editum, 2007, 316 págs. ISBN: 978-84-8371-701-1
El libro Espacios Sociales, Universos Familiares. La familia en la historiografía española (XXV aniversario del Seminario Familia y élite de poder en el Reino de Murcia. Siglos XV-XIX) presenta tanto textos metodológicos como referidos a ámbitos y sectores sociales concretos, y revisa también la trayectoria del grupo de investigación sobre el tema en la Universidad de Murcia. Durante 25 años, este grupo sobre familia y élites de poder en la Edad Moderna ha publicado numerosas obras en las que han colaborado más de cien autores. Son editores los profesores de la Universidad de Murcia Francisco Chacón Jiménez y Juan Hernández Franco.http://www.um.es/publicaciones/blog/?cat=100
14. HERNÁNDEZ FRANCO, Juan, La gestión política y el pensamiento reformista del Conde de Floridablanca. Murcia, Editum, 2008, XV+ 609 págs. ISBN: 978-84-8731-800-1.
15. Prólogo a Cayetano Alcázar Molina, Los hombres del Despotismo Ilustrado en España: El Conde de Floridablanca, Murcia, Editum,2008, XXXIX+173. ISBN: 978-84-8731-791-2
16. RODRIGUEZ PEREZ, Raimundo Antonio y HERNANDEZ FRANCO, Juan: Memorial de la calidad y servicios de la Casa de Fajardo, Marqueses de los Vélez. Obra inédita del genealogista Salazar y Castro,Murcia, Real Academia Alfonso X el Sabio, 2008/2009, 393 págs + 3 arboles genealógicos. ISBN: 978-84-96308-68-8.
17. CHACON JIMENEZ, Francisco, HERNANDEZ FRANCO, Juan, y GARCIA GONZALEZ,Francisco (eds.), Familia y organización social en Europa y América, siglos XV-XX, Murcia, Editum, 2007, 396 págs. ISBN: 978-84-8371-700-4
18. SOARES DA CUNHA, Mafalda, y HERNANDEZ FRANCO, Juan (orgs.), Sociedade, Familia e Poder na Península Ibérica. Elementos para uma História Comparativa. Sociedad, Familia y Poder en la Península Ibérica. Elementos para una Historia Comparada, Lisboa, Ediçoes Colibri, Edit.um, Cidehus, 2010, 276 págs. ISBN: 978-84-8371-886-5/978-972-772-955-5. Sociedad, Família y Poder en la Península Ibérica es un libro realizado por una docena de prestigiosos investigadores portugueses y españoles, en el que a través de una perspectiva comparativa se estudian los modelos familiares que tienen diferentes grupos sociales de ambas naciones. De sus conclusiones se deduce que las diferencias entre las comunidades de ambas naciones eran fundamentalmente politicas. Ya que en lo relativo al tipo de hogar, formas de transmisión de la herencia, relaciones de parentesco, economia doméstica, modos y trayectorias de vida y actitudes familiares, las prácticas y la geografia de las famílias en la Península Ibérica son bastante similares.
19.- HERNANDEZ FRANCO, Juan, Sangre Limpia, Sangre Española. El debate de los estatuso de limpieza (Siglos XV-XVII, Madrid, Editorial Cátedra, 2011, 300 págs. ISBN:978-84-376-2744-1.
20.- HERNANDEZ FRANCO, Juan, Al servicio del mayor Rey de la tierra: el linaje de Luis Fajardo, Capitan General de la Mar Oceáno (ss. XVI-XVII), Murcia, 2012, 80 págs. ISBN: 978-84-615-7271-7.