Automatic Quantification of Left Ventricular Trabeculations. Deep learning. Neural networks. Ejecución de código en varias plataformas. GPGPU. Compresión de ví­deo médico utilizando la transformada de wavelet 3D. Extensiones Multimedia. Multithreading. Evaluación de prestaciones. Arquitecturas Multimedia.

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ORCID

• P. A. Martínez, G. Bernabé, and J. M. García. “POAS: a framework for exploiting accelerator level parallelism in heterogeneous environments”. Journal of Supercomputing. 2024. https://doi.org/10.1007/s11227-024-06008-w
• P. A. Martínez, G. Bernabé and J. M. García, “Code Detection for Hardware Acceleration Using Large Language Models,” in IEEE Access, vol. 12, pp. 35271-35281, 2024, https://doi.org/10.1109/ACCESS.2024.3372853.
• G Bernabé, P González-Férez, JM García, G Casas, J González-Carrillo. “Expanding the deep-learning model to diagnosis LVNC: limitations and trade-offs”. Journal of Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering: Imaging & Visualization. 2024; https://doi.org/10.1080/21681163.2024.2314566

• JR Barón, G Bernabé, P González-Férez, JM García, G Casas, J González-Carrillo. “Improving a Deep Learning Model to Accurately Diagnose LVNC”. Journal of Clinical Medicine. 2023; 12(24):7633. https://doi.org/10.3390/jcm12247633 https://www.mdpi.com/2077-0383/12/24/7633

• PA Martínez, J Woodruff, J Armengol-Estapé, G Bernabé, JM García, and M. F. P. O’Boyle. “Matching Linear Algebra and Tensor Code to Specialized Hardware Accelerators”. In Proceedings of the 32nd ACM SIGPLAN International Conference on Compiler Construction (CC ’23), February 25–26, 2023, Montréal, QC, Canada. ACM, New York, NY, USA, 13 pages. https://doi.org/10.1145/3578360.3580262

• PA Martínez, B Peccerillo, S Bartolini, JM García, G Bernabé. “Applying Intel's oneAPI to a machine learning case study”. Concurrency and Computation: Practice and Experience. (2022). https://doi.org/10.1002/cpe.6917
• AL Perales Gómez, PE López-de-Teruel, A Ruiz, G García-Mateos, G Bernabé, F García. “FARMIT: continuous assessment of crop quality using machine learning and deep learning techniques for IoT-based smart farming”. Cluster Computing (2022). https://doi.org/10.1007/s10586-021-03489-9
• PA Martínez, G Bernabé, J. M. García. “HDNN: a cross-platform MLIR dialect for deep neural networks”. Journal of Supercomputing (2022). https://doi.org/10.1007/s11227-022-04417-3
• PA Martínez, B Peccerillo, S Bartolini, JM García, G Bernabé. “Performance portability in a real world application: PHAST applied to Caffe”. The International Journal of High Performance Computing Applications. 2022. https://doi.org/10.1177/10943420221077107

• JM Rodríguez-de-Vera, G Bernabé, JM García, D Saura, J González-Carrillo. “Left Ventricular Non-Compaction Cardiomyopathy Automatic Diagnosis Using a Deep Learning Approach. Journal of Computer Methods and Programs in Biomedicine. Volume 214, February 2022, 106548. https://doi.org/10.1016/j.cmpb.2021.106548.
• G Bernabé, JD Casanova, J González-Carrillo, JR Gimeno-Blanes. “Towards an Enhanced Tool for Quantifying the Degree of LV Hyper-Trabeculation”. Journal of Clinical Medicine. 2021; 10(3):503. https://doi.org/10.3390/jcm10030503. https://www.mdpi.com/2077-0383/10/3/503.
• JM Rodríguez-de-Vera, J González-Carrillo, JM García, G Bernabé. “Deploying deep learning approaches to left ventricular non-compaction measurement”. Journal of Supercomputing 77, 10138–10151 (2021). https://doi.org/10.1007/s11227-021-03664-0

• E Gómez, P Martínez, B Peccerillo, S Bartolini, JM García and G Bernabé, “Using PHAST to port Caffe library: First experiences and lessons learned”, arXiv preprint https://arxiv.org/abs/2005.13076
• J D Casanova, J González-Carrillo, J Martín, J Cuenca, C Muñoz, M Siguero, R Escribá, E Burillo, J L de la Pompa, A Raya, J R Gimeno, M Sabater and G Bernabé García, “Trabeculated Myocardium in Hypertrophic Cardiomyopathy: Clinical Consequences”, Journal of Clinical Medicine. 2020, 9(10), 3171; https://doi.org/10.3390/jcm9103171
• G Bernabé, J. D. Casanova, G Casas, J. González-Carrillo, “A highly accurate method for quantifying LVNC cardiomyopathy”, Pages 223-232, AMIA 2020 Annual Symposium, November 2020, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8075521/ ISBN: 9781713822226

• G. Bernabé, J. D. Casanova, J. Cuenca y J. González-Carrillo, “A self-optimized software tool for quantifying the degree of left ventricle hyper-trabeculation”, Journal of Supercomputing, Vol. 75 (3), pp. 1625-1640, 2019, https://doi.org/10.1007/s11227-018-2722-x, ISSN: 0920-8542.
• G. Bernabé, L. Fernández y J. L. Aragón. “Optimización y mejora en Ampliación de Estructura de Computadores”. Actas de las Jenui, vol. 4. 2019. Páginas 255-262. http://www.aenui.net/ojs/index.php?journal=actas_jenui&page=article&op=view&path%5B%5D=501

• G. Bernabé y M. E. Acacio, “On the Parallelization of Stream Compaction on a Low-Cost SDC Cluster”, Scientific Programming, Abril 2018, Volumen 2018, Article ID 2037272, pp. 10, https://doi.org/10.1155/2018/2037272, ISSN: 1875-919X

• G. Bernabé, R. Hernández y M. E. Acacio, “Parallel implementations of the 3D fast wavelet transform on a Raspberry Pi 2 cluster”, Journal of Supercomputing, Abril 2018, Volumen 74, Issue 4, Páginas 1765-1778, http://dx.doi.org/10.1007/s11227-016-1933-2, ISSN: 0920-8542.

• G. Bernabé, José D. Casanova, J. Cuenca y J. González-Carrillo. “An updated software tool for the automatic quantification in the left ventricle myocardium hyper-trabeculation degree for Hypertrophic Cardiomyopathy patients”. 18th International Conference on Computational and Mathematical Methods in Science and Engineering (CMMSE 2018). Cadiz (España). Julio 2018. ISBN: 978-84-697-7861-6.

• G. Bernabé, J. L. Aragón y L. Fernández. “Actividades de Innovación en Ampliación de Estructura de Computadores”. III Congreso Internacional de Innovación Docente. Murcia (España). Marzo 2018. Páginas 146-156. Universidad de Murcia, Servicio de Publicaciones. ISBN: 978-84-09-05866-2.

• G. Bernabé, J. C. Cano, J. Cuenca, A. Flores, D. Giménez y M. Saura-Sánchez, P. Segado-Cabezos. “Exploiting Hybrid Parallelism in the Kinematic Analysis of Multibody Systems Based on Group Equations”. 17th International Conference on Computational Science (ICCS 2017). Zurich (Switzerland). Procedia Computer Science, Volume 108, Junio 2017, pp. 576-585. ISSN: 1877-0509, Junio 2017. https://doi.org/10.1016/j.procs.2017.05.041

• G. Bernabé y M. E. Acacio. “Efficient Parallel Stream Compaction on a Extremely Low-Cost SDC Cluster”. 17th International Conference on Computational and Mathematical Methods in Science and Engineering (CMMSE 2017). Cadiz (España). Julio 2017. Páginas 304-315. ISBN: 978-84-617-8694-7.

• G. Bernabé. “El método docente y resultados de la asignatura Ampliación y Estructura de Computadores”. Revista Iberoamericana de Informática Educativa. IE Comunicaciones. Número 25, Enero-Junio 2017, Páginas 23-33. ISSN: 1699-4574. http://161.67.140.29/iecom/index.php/IECom/article/view/285/271

• G. Bernabé, J. González-Carrillo, J. Cuenca, D. Rodrí­guez, D. Saura y J. R. Gimeno, “Performance of a New Software Tool for Automatic Quantification of Left Ventricular Trabeculations”, Revista Española de Cardiologí­a (English Edition), 2016, http://dx.doi.org/10.1016/j.rec.2016.07.006, ISSN: 1885-5857
• G. Bernabé, J. González-Carrillo, J. Cuenca, D. Rodrí­guez, D. Saura y J. R. Gimeno, “Rendimiento de un nuevo software para la cuantificación automática de trabeculaciones en el ventrículo izquierdo”, Revista Española de Cardiologí­a, 2016, http://dx.doi.org/10.1016/j.recesp.2016.07.017, ISSN: 0300-8932
• G. Bernabé, J. Cuenca, D. Giménez y J. González-Carrillo. “A Training Engine for Automatic Quantification of Left Ventricular Trabeculation from Cardiac MRI”. Procedia Computer Science, Volumen 80, Páginas 2246-2250, http://dx.doi.org/10.1016/j.procs.2016.05.399, ISSN: 1877-0509.
• G. Bernabé, R. Hernández y M. E. Acacio. “Parallelization of the 3D Wavelet Transform on a Cluster of Raspberry Pi 2 Boards”. 16th International Conference on Computational and Mathematical Methods in Science and Engineering (CMMSE 2016). Cádiz (España). Julio 2016. ISBN: 978-84-608-6082-2.
• G. Bernabé, “Teaching experience in advanced computer structure”. International Symposium on Computers in Education (SIIE). Salamanca (España). Septiembre 2016. Páginas 1-6. IEEE. http://dx.doi.org/10.1109/SIIE.2016.7751817, ISBN: 978-1-5090-4596-9.
• G. Bernabé, “Experiencia docente en Ampliación y Estructura de Computadores”. XVII Simposio Internacional de Informática Educativa (SIIE). Salamanca (España). Septiembre 2016. Páginas 219-225. Aquilafuente, ISBN: 978-84-9012-630-1.

• G. Bernabé, J. Cuenca, P. E. López de Teruel, D. Giménez y J. González-Carrillo. “A Software Tool for the Automatic Quantification of the Left Ventricle Myocardium Hyper-trabeculation Degree”. Procedia Computer Science, Volumen 51, Páginas 610-619, http://dx.doi.org/10.1016/j.procs.2015.05.329, ISSN: 1877-0509.
• G. Bernabé, J. Cuenca y D. Giménez. “An Autotuning Engine for the 3D Fast Wavelet Transform on Clusters with Hybrid CPU+ GPU Platforms”. International Journal of Parallel Programming, Volumen 43 (6), Páginas 1160-1191, http://dx.doi.org/10.1007/s10766-014-0328-3, ISSN: 1573-7640.
• G. Bernabé, J Cuenca, L. P. García y D Giménez. “Auto-tuning techniques for linear algebra routines on hybrid platforms”. Journal of Computational Science, Volumen 10, Páginas 299-310, http://dx.doi.org/10.1016/j.jocs.2015.04.032, ISSN: 1877-7503.
• G. Bernabé, “Parallel 3D Fast Wavelet Transform comparison on CPUs and GPUs”. Annals of Multicore and GPU Programming (AMGP), Volumen 2 (1), Páginas 1-14, https://dialnet.unirioja.es/descarga/articulo/5307550.pdf, ISSN: 2341-3158.

• G. Bernabé, J. Cuenca Luis P. García y D. Giménez. “Improving an autotuning engine for 3D Fast Wavelet Transform on manycore systems”. Journal of Supercomputing. Noviembre 2014, Volumen 70 (2), Páginas 830–844, http://dx.doi.org/10.1007/s11227-014-1302-y, ISSN: 0920-8542
• G. Bernabé, J. Cuenca Luis P. García y D. Giménez. “Tuning Basic Linear Algebra Routines for Hybrid CPU+GPU Platforms”. 14th International Conference on Computational Science (ICCS 2014). Cairns (Australia). Procedia Computer Science, Volumen 29, Junio 2014, Páginas 30–39, http://dx.doi.org/10.1016/j.procs.2014.05.003, ISSN: 1877-0509.
• G. Bernabé, J. Cuenca Luis P. García, D. Giménez y Sergio Rivás-Gómez. “A High Performance Computing Course Guided by the LU Factorization”. 14th International Conference on Computational Science (ICCS 2014). Cairns (Australia). Procedia Computer Science, Volume 29, Junio 2014, Páginas 1446–1457. http://dx.doi.org/10.1016/j.procs.2014.05.131, ISSN: 1877-0509.
• G. Bernabé, J. Cuenca Luis P. García y D. Giménez. “Improving an autotuning engine for 3D Fast Wavelet Transform on GPU”. 14th International Conference on Computational and Mathematical Methods in Science and Engineering (CMMSE 2014). Cádiz (España). Julio 2014. ISBN: 978-84-616-2723-3.

• G. Bernabé, J. Cuenca y D. Giménez. “Optimization techniques for 3D-FWT on systems with manycore GPUs and multicore CPUs”. 13th International Conference on Computational Science (ICCS 2013). Barcelona (España). Procedia Computer Science, Volumen 18, Junio 2013, Páginas 319-328, http://dx.doi.org/10.1016/j.procs.2013.05.195 ISSN: 1877-0509.
• G. Bernabé, J. Cuenca y D. Giménez. “Optimizing a 3D-FWT code in heterogeneous cluster of multicore CPUs and manycore GPUs”. 25th International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing (SBAC-PAD 2013). Porto de Galinhas (Brasil). Octubre 2013, Páginas 97-104. ISBN: 978-1-4799-2927-6/13, http://dx.doi.org/10.1109/SBAC-PAD.2013.26

• J. Franco, G. Bernabé, J. Fernández y M. Ujaldón. “The 2D wavelet transform on emerging architectures: GPUs and multicores”. Journal of Real-Time Image Processing, ISSN: 1861-8200, Páginas 145-152, Volume 7, Number 3, 2012, http://dx.doi.org/10.1007/s11554-011-0224-7.
• G. Bernabé, G. Guerrero, J. Fernández. “CUDA and OpenCL Implementations of 3D Fast Wavelet Transform”. 3rd IEEE Latin American Symposium on Circuits and Systems (LASCAS). Playa del Carmen (Mexico), Febrero, 2012. ISBN: 978-1-4673-1208-0. http://dx.doi.org/10.1109/LASCAS.2012.6180318.

• J. Franco, G. Bernabé, J. Fernández, M. Ujaldón. “Parallel 3D fast wavelet transform on manycore GPUs and multicore CPUs”. 10th International Conference on Computational Science (ICCS 2010). Amsterdam (Holanda). Procedia Computer Science, Volumen 1, Issue 1, Mayo 2010, Páginas 1101-1110, http://dx.doi.org/10.1016/j.procs.2010.04.122. ISSN: 1877-0509.
• J. Franco, G. Bernabé, J. Fernández, M. E. Acacio, M. Ujaldón. “The GPU on the 2D Wavelet Transform, survey and contributions”. 10th PARA'2010: State of the Art in Scientific and Parallel Computing. Minisymposium on GPU Computing. Reykjavik (Islandia), Junio, 2010. PARA. Extended Abstract Nº 264J.
• J. Franco, G. Bernabé, J. Fernández, and M. Ujaldón. “Paralelización de matrices de coocurrencia con OpenMP y CUDA”. Actas de las XXI Jornadas de Paralelismo, pp. 575-582, ISBN: 978-84-92812-49-3, Valencia (España), Septiembre 2010.

• J. Franco, G. Bernabé, M. E. Acacio y J. Fernández. “A Parallel Implementation of the 2D Fast Wavelet Transform Using CUDA”. 17th EUROMICRO Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing. ISBN: 978-0-7695-3544-9. Weimar-Alemania. Febrero 2009.

• G. Bernabé, J. M. García y J. González. “A Lossy 3D Wavelet Transform for High-Quality Compression of Medical Video”. Journal of Systems & Software, ISSN: 0164-1212, Páginas 526-534, Volume 82, Number 3, March 2009, http://dx.doi.org/10.1016/j.jss.2008.09.034.

• J. Fernández, M. E. Acacio, G. Bernabé, J. L. Abellán y J. Franco. “Multicore Platforms for Scientific Computing: Cell Be and NVidia Tesla”. 2008 International Conference on Scientific Computing (CSC’08). ISBN: 1-60132-059-0. Páginas 167-173. Las Vegas-USA. Julio 2008.

• J. Franco, G. Bernabé, M. E. Acacio y J. Fernández. “A Primer 2D Fast Wavelet Transform Parallelization for CUDA-enabled Devices”. XIX Jornadas de Paralelismo. ISBN: 978-84-8021-676-0, Castellón-España. Septiembre 2008.

• G. Bernabé, R. Fernández, J. M. García, M. E. Acacio y J. González. “An Efficient implementation of a 3D Wavelet Transform based Encoder on Hyper-Threading Technology”. Journal of Parallel Computing, ISSN: 0167-8191. Páginas 54-72. Volume 33, Number 1, January 2007. http://dx.doi.org/10.1016/j.parco.2006.11.011.

• J.A. Vélez, A.A. Navarro, P. Villa, G.Bernabé, L. E. Munuera, L. A. Castaño y J. M. Martínez. “Capítulo 22: Telemammography: A Novel Technological Approach in Mammography Diagnosis”. Libro: “Emerging Technology in Breast Imaging and Mammography”. ISBN: 1-58883-090-X, Páginas 1-17. 2007.

• A.A. Navarro, J.A. Vélez, C. A. Gamboa, A. J. Reyes, G.Bernabé, L. E. Munuera y F. J. Herrera. “Enhancing the Web Environment for Surgical Skills Training on Otolaryngology”. 11th Annual Meeting and Exposition (ATA 2006). Telemedicine Journal and e-Health. Vol. 12, Número 2, ISSN: 1530-5627, Páginas 262-262. Abril 2006.

• A. Navarro, C. J. Hernández, J. A. Velez, L. E. Munuera, G. Bernabé, C. A. Gamboa y A. J. Reyes. “Virtual Surgical Telesimulations in Otolaryngology”. 13th Annual Medicine Meets Virtual Reality. IOS Press, ISSN/ISBN: 0926-9630/1586034987. Studies in Health Technology and Informatics. Volume 11. Páginas 353-355. Long Beach-USA. Enero 2005.

• R. Fernández, G. Bernabé, J. M. García y M. E. Acacio. “Optimizing a 3D-FWT Video Encoder for SMPs and HyperThreading Architecures”. 13th EUROMICRO Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing (EUROMICRO-PDP 2005). IEEE Computer Society, ISBN: 0-7695-2280-7. Páginas 76-83. Lugano-Suiza, Febrero 2005.

• G. Bernabé, J. M. García y J. González. “Reducing 3D Fast Wavelet Transform Execution Time Using Blocking and the Streaming SIMD Extensions”. Journal of VLSI Signal Processing Systems, ISSN: 0922-5773, Páginas 209-223, Volume 41, Number 2, September 2005. https://doi.org/10.1007/s11265-005-6651-6

• Diseño, Evaluación y Optimización de la Transformada Wavelet para Codificación de Ví­deo Médico en Arquitecturas Monoprocesador. Tesis doctoral. 16/11/2004
• R. Fernández, G. Bernabé, J. M. García y M. E. Acacio. “Codificador de vídeo basado en Wavelet 3D usando OpenMP y Pthreads”. Actas de las XV Jornadas de Paralelismo, Universidad de Almería, ISBN: 84-8240-714-7, Almería-España, Septiembre 2004.

• G. Bernabé, J. M. García y J. González. “Reducing 3D Wavelet Transform Execution Time through the Streaming SIMD Extensions”. 11th EUROMICRO Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing (EUROMICRO-PDP 2003), IEEE Computer Society, ISBN: 0-7695-1875-3, Genova-Italia, Febrero 2003.

• A.A. Navarro, J.A. Vélez, J.E. Satizabal, L.E. Munera y G.Bernabé. “Virtual Surgical Telesimulations in Ophtalmology”. 17th International Congress on Computer Assisted Radiology and Surgery (CARS 2003), Elsevier Science, ISBN: 0-444-51387-6, Londres-Reino Unido, Junio 2003.

• J.A. Vélez, A.A. Navarro, C. A. De La Roche, A. Kopec, L.E. Munera, G.Bernabé, C. Bermudez y J. F. Jimenez. “A Virtual Surgical Telesimulations in Micrographic Dermatologic Surgery (MOHS)”. 17th International Congress on Computer Assisted Radiology and Surgery (CARS 2003), Elsevier Science, ISBN: 0-444-51387-6, Londres-Reino Unido, Junio 2003.

• G. Bernabé, J. González, J. M. García y J. Duato. “Memory Conscious 3D Wavelet Transform”. 28th EUROMICRO Conference (EUROMICRO 2002), IEEE Computer Society, ISBN: 0-7695-1787-0, Dortmund-Alemania, Septiembre 2002.

• G. Bernabé, J. González, J. M. García y J. Duato. “Memory Conscious 3D Wavelet Transform”. Actas de las XIII Jornadas de Paralelismo, Universidad de Lleída, ISBN: 84-8409-159-7, Lleída-España, Septiembre 2002.

• G. Bernabé, J. González, J. M. García y J. Duato. “Enhancing the Entropy Encoder of a 3D-FWT for High-Quality Compression of Medical Video”. 2001 IEEE International Symposium on Intelligent Signal Processing and Communication Systems (ISPACS 2001), IEEE Signal Processing Society, ISBN: 0-9716692-0-1, Nashville-EEUU, Noviembre 2001.

• G. Bernabé, J. González, J. M. García y J. Duato. “A New Lossy 3D Wavelet Transform for High Quality Compression of Medical Video”. 2000 IEEE EMBS International Conference on Information Technology Applications in Biomedicine (ITAB-ITIS 2000), IEEE Networking the World, ISBN: 0-7803-6449-X, Washington-EEUU, Noviembre 2000.