Una vez descrita la base teórica necesaria procederemos a profundizar en el funcionamiento del dispositivo, partiendo claro está de la citada base teórica.
Como ya hemos dicho, el espectrómetro de masas separa iones de igual carga y diferentes masas. El primer objetivo es dotar al ión de una velocidad, para ello se emplea un campo eléctrico que ejerce una fuerza sobre la partícula adquiriendo ésta una aceleración constante. Cabe destacar que en esta primera parte el ión solo tendrá aceleración en la dirección y sentido del campo, que a efectos de la simulaciónserá la dirección del eje Y.
Una vez acelerada la partícula se la hará penetrar en un campo magnético. Para que la velocidad sea perpendicular al campo magnetico, éste y el campo eléctrico deben ser a su vez perpendiculares. En esta región el ión describirá una trayectoria circular cuyo radio, como hemos explicado en en el apartado de fundamentos teóricos , variará en función de la masa a iguales valores de carga, intensidad de campo magnético y velocidad. Esto da lugar a que se consiga separar, por ejemplo, isótopos de un mismo elemento químico.